Los equipos inferiores de los Gallos Blancos viven una situación similar a la del primer equipo y es que tanto la categoría sub-18 como la sub-20 se encuentran sumergidas en la parte baja de la tabla general.
La categoría sub-18 perdió en su encuentro contra sus homólogos de Santos Laguna por marcador de 3-0, este resultado deja a los queretanos en la penúltima posición del campeonato con 16 unidades, superando al Puebla solo por diferencia de goles.
En tanto a la categoría sub-20, los emplumados lograron sacar un punto en su visita a Torreón, laguneros y plumíferos igualaron a dos goles. Los anotadores por parte de Querétaro fueron Gerardo Alejandro Gil al 11′ y de Martín Sol al 72′. Gabriel España no disputará el encuentro contra Cruz Azul ya que fue expulsado al 58′ en el partido jugado el 16 de abril de 2022. Ahora bien, la situación para la sub-20 no es muy distinta a la que existe en la categoría sub-18, ya que se encuentran situados en la última posición con apenas siete unidades.
