La mañana del 14 de noviembre de 2025, la junta deportiva de los Gallos Blancos tomó la decisión de terminar el contrato de Benjamín Mora, después de no poder clasificarse a la liguilla. La temporada concluyó con el conjunto queretano en la duodécima posición, con seis partidos ganados, dos empatados y nueve perdidos, en los cuales anotaron 19 goles y recibieron 29.
El “Malayo” llegó al club en el Clausura 2025, donde también terminó en la duodécima posición, sumando 20 puntos. A lo largo de su estancia en Querétaro, Mora trató de conformar un equipo competitivo, dando la sorpresa en su segundo encuentro al vencer en casa a Pumas por 3-2.
Después de ese resultado, Gallos no pudo despuntar: acumuló varias derrotas consecutivas, un futbol que no reflejaba lo que el director técnico buscaba y caídas dolorosas ante rivales directos. Ocho partidos al hilo sin ganar entre Liga MX y Leagues Cup fueron determinantes para su salida.
Benjamín Mora dirigió al equipo durante 34 partidos, con un saldo de 11 victorias, 4 empates y 19 derrotas, promediando 1.09 puntos por encuentro.